Na het bloedbad van München in 1972, toen elf leden van het Israëlische Olympische team de dood vonden na gijzeling door Palestijnse terroristen, start Israël een geheime vergeldingsactie. Mossad-agent Avner Kaufman (Eric Bana), onervaren en met een zwangere vrouw thuis, wordt gevraagd de missie te leiden. Waarom hij instemt is helder, want Steven Spielbergs fictiefilm start waar de documentaire stopt. We zien hoe Amerikaanse atleten de Palestijnen het hek van het Olympisch dorp over helpen, zoals terrorist Jamal Al-Gashey in vertelt; we zien het gevecht in het appartement, de onjuiste politieverklaring en het slechte nieuws dat daarop volgde. Met de jacht op kopstukken van Zwarte September krijgt Kaufman de kans zijn Israël te beschermen en in de voetsporen te treden van zijn vader, een oorlogsheld. Maar de tol van het moorden blijkt hoog. Met iedere afrekening nemen de twijfels, de angst en het aantal nog te fusilleren mensen toe. Net als wordt verteld vanuit het perspectief van Israël, dat nu zowel dader als slachtoffer is. Spielberg waagt zich aan het grotere verhaal achter het bloedbad: het recht op een thuisland. Zo wordt Kaufmans missie symbool voor een nationaal trauma, en hoe dat een persoonlijk trauma voortbrengt.